电影《乙未之台岛遗恨》主要反映1895年清朝政府在甲午战争失败后，被迫将台湾列岛割让给日本，民族英雄刘永福率领黑旗军和台湾各民族人民组成义军抗击日本侵略者的英勇事迹。

清朝末年，腐朽的清政府对人民征收沉重的赋税，人民民不聊生。山东堂邑县农民宋景诗举行了抗捐起义的大旗，他领导的黑旗军与白莲教、捻军并肩作战。恶霸地主杨鸣谦、王二香派手下王占鳌带领柳林团向黑旗军发动了进攻

阿鲸受奸人蒙蔽误入黑旗军成为一名刺客，她不堪替宇文护作恶而决意脱离黑旗军，但她的家人却因此惨遭宇文护戕害。机缘巧合下，逃亡中的阿鲸冒充外族公主嫁入后宫，并和傀儡皇帝宇文邕、不甘为棋子的后妃李娥姿结为同