《苍蓝钢铁的琶音剧场版》讲述士官候补生千早群像和同伴们偶然登上了旧时大日本帝国海军的潜水艇“伊401”后发生的故事。男主角千早群像担任“伊401”的临时舰长，女主角伊欧娜则是“伊401”的拟人化形态。

古树林（林子祥饰）是一位颇有名气的指挥家，前往香港演出的他决定借此机会和阔别已久的老友们叙叙旧。让古树林没有想到的是，半路杀出了菲欧娜（周慧敏饰）和金志杰（张学友饰）两个捣蛋鬼，导致他原本的计划被破坏