明朝时期，为清扫倭寇，鲁奇学士研发火龙弹，不想因内奸所致引来灭门之祸。鲁奇的妻女丧命，身断一臂，万念俱灰之际被戏班所救。鲁奇将残缺手臂改造成暗器机括，在险象环生中终报仇雪恨铲除内奸，与爱人隐于世林。

功成名就的筱月桂（余男饰）从没忘记要寻找杀死常力雄（胡军饰），也就是她女儿父亲的凶手。当她发现自己爱上黄佩玉时，也证实了“洪门内奸的真正身份”......她与常爷的前跟班余其扬合谋除去内奸，助余其扬成

1944年，周卫国（文章饰）秘密调遣雪豹特战队成员徐虎（乔鹏樾饰）前往上海日军警备司令部，营救已暴露身份被捕的苏联红军情报员田冲（吴承轩饰）。获救的田冲带来关东军边境布防图的情报，周卫国同意让徐虎配合

故事开始于墓地，HoratioCaine正在教堂向神父告解，外面传了一阵枪声...虽然破案，但也为季末做了铺垫。本季加入了CSIer的一些故事，EricDelko被牵涉到大麻事件中去，遭到了内务部的调